A ver, por partes. Sobre las horas de trabajo, no son 40, son algo menos:

365 dias del año - 48 domingos - 14 festivos - 30 días de vacaciones (que incluyen los 4 domingos que faltan) = 273 dias que se trabajan (abriendo de lunes a sabado).

273 dias trabajados/6 dias trabajados a la semana = 45,5 semanas

1783* horas anuales/45,5 semanas = 39,18 horas/semana.

(* 1783 eran las horas asignadas para 2016, no hay nuevo convenio aun)

En teoría, todo lo que trabajes de más debería ser retribuido en algun momento del año por la empresa, no obstante esto tambien entra dentro del margen de negociación trabajador-empresa.

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Sobre los pagos en dia laboral o festivo, si estas en tu horario de trabajo se te paga normal, lo que cambia son las horas extraordinarias. Como no todas las farmacias abren lo mismo (algunas son de lunes a viernes, otras hasta el sabado, otras 24h/7días... ) y aparte estan las guardias, que son de obligada apertura el dia que te toque, a efectos de distribución del horario de trabajo se considera que tus Xh/dia da igual que sean en martes que en jueves santo, pero lo que hagas a mayores sí que se valora segun el tipo de día.

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Respecto al tema de descansos y demas, tienes razon en lo que comentas. Si no se esta cumpliendo y te consideras perjudicado, lo recomendable es hablar primero con el titular y negociar con el. Si no, denunciar es otra opción válida.

Espero haberte ayudado